1958年10月，山东大学由青岛迁济南，师生搬运迁校物资

1958年7月，山东大学归由山东省领导，同年10月奉命迁校济南。文科的中文、历史两系和理科数学、物理、化学、生物四系搬迁济南，海洋、水产和正筹建的地矿三系留在青岛（后独立为山东海洋学院，即现在的中国海洋大学）。这期间根据科学发展和国家建设事业的需要，于1959年秋恢复了外文系，1960年重设政治系，建成原子能系和电子系，学校由迁济时的6个系10个专业，增至政治、中文、历史、外文、数学、物理、化学、生物学、原子能（后学生并入复旦大学，该系撤销）、电子10个系。建立了中国古典文学、中国现代文学、美国文学、中国古代史、微分方程（控制论）、磁学、晶体、微生物九个校属研究室。有八个专业接受培养研究生。设有三个专业业余大学，六个专业函授班，并招收函授研究生，在校业余和函授生达到4000人。同时，恢复了外国留学生培养工作。

1960年，毛泽东主席在济南听取山东大学教师讲解运筹学

1964年，毛泽东主席给山东大学高亨教授的信

学校迁济后，从1959年开始兴建新校舍，到1966年“文革”前七年，共建成文史、化学两栋教学校，6栋学生宿舍楼，三个食堂，13栋教工宿舍楼和部分辅助用房，总面积五万平方米。全校九个系分住两地，校部机关和外文、物理、电子、生物四系仍住原处，称老校；政治、中文、历史、数学、化学五系迁新校舍，称新校。1961年学校复归教育部领导，学校在文史见长的优势中，向社会科学领域开拓；在理科的扬长避短中，突出数学、磁学、晶体、微生物的六十年代新特色，为学校以后的发展打下了良好的基础。1966年开始了“文化大革命”。6月殃及山东大学校园，全校机构随之瘫痪。